La più modesta aula occidentale, detta Basilica, è una sala rettangolare, terminata a sud da una profonda abside semicircolare. Un doppio ordine di colonne doveva dividerla in tre navate. La presenza dell'abside fa pensare di nuovo a funzioni pubbliche, nelle quali fosse prevista la presenza dell'imperatore.

Ad est è un altro ambiente più modesto e di identificazione più difficile, il Lerario, destinato ad ospitare il corpo di guardia dei pretoriani.

Il lato opposto del peristilio, a sud, è occupato quasi interamente da una grandiosa sala, probabilmente la Cenatio Iovis, affiancata da due ambienti minori. Questa presenta sul fondo un'abside poco profonda, ai lati della quale si aprono due porte, dalle quali si poteva accedere ad ambienti posteriori, come le due biblioteche del Tempio di Apollo. Essa conserva una parte del ricco pavimento marmoreo, innalzato sopra un ipocausto (sistema di doppio pavimento, utilizzato per il riscaldamento ad aria calda), che ne dimostra il carattere di cenatio invernale. Ai lati vi sono due ambienti simmetrici, con al centro una fontana ovale che, attraverso le grandi finestre che si aprivano verso il triclinio, poteva essere vista dai convitati a banchetto.

Adiacente alla cosiddetta Domus Flavia, verso est, è un altro gigantesco edificio, assai più esteso in lunghezza e articolato, la Domus Augustana.

Il lato settentrionale si articolava intorno ad un grande peristilio, posto alla stessa altezza di quello della Domus Flavia, con al centro un bacino ornamentale. Al centro di questo, come su un'isola, era costruito un tempietto su alto podio, al quale si accedeva a mezzo di un ponticello ad archi in muratura.

La zona più a nord è talmente rovinata che riesce difficile ricostruirne la pianta; si potrebbe pensare all'esistenza di un terzo peristilio. Meglio conservata è la parte meridionale, il cui piano terreno sorge ad un livello assai più basso del resto del palazzo, ai piedi cioè del taglio verticale che ha regolarizzato le pendici della collina. Il piano inferiore si articola intorno ad un cortile quadrato, munito in origine di un portico a due piani, al centro del quale è una grande fontana, con un motivo centrale formato da quattro pelte (scudi Amazzoni) contrapposte. Esso si apre a sud, verso una grande esedra, che costituisce la facciata verso il Circo Massimo di questa parte del palazzo. Solo sui lati a nord e a ovest del cortile sono ricavati alcuni ambienti. Dal lato di fondo si accede a due grandi sale ottagonali, coperte con volte a padiglione e con pareti ornate di nicchie alternativamente semicircolari e rettangolari. Al centro, sull'asse dell'edificio, è una sala quadrata, con due esedre semicircolari ai lati e una rettangolare sul fondo. Seguono posteriormente altri ambienti minori, alcuni dei quali tagliati nella roccia.

Il lato occidentale è caratterizzato da una grande sala centrale, sporgente in parte sul peristilio, fiancheggiata da due grandi ninfei con bacini al centro.

Gli ambienti del piano superiore, che sono allo stesso livello della Domus Flavia, sono in pessimo stato di conservazione. Si riconosce un a pianta piuttosto complessa con molti ambienti quasi sempre di dimensioni non troppo vaste.

Il terzo settore del palazzo di Domiziano è costituito, ad est, dal cosiddetto Stadio. Si tratta in realtà di un edificio a forma di circo, cioè di un rettangolo molto allungato con uno dei lati minori, quello meridionale, curvo. Esso si estende lungo tutto il lato orientale della Domus Augustana. Il suo perimetro era segnato da un portico a due piani, costituito al piano inferire da pilastri di mattoni rivestiti in origine di marmo, come il resto delle strutture. Nel piano superiore ai pilastri corrispondevano colonne marmoree.