Agli indigeni fu preclusa la possibilità di entrare a far parte del clero: la Chiesa d'America sarebbe rimasta ancora a lungo una Chiesa spagnola, e quindi espressione di un dominio straniero.

Per quanto riguarda l'economia del paese la grande abbondanza di oro e argento preso dalle miniere messicane e peruviane non bastò per creare una grande economia: infatti la mentalità dei nobili, atti più al lusso che al commercio, che stimavano ancora come un'attività non principale, non favorì sviluppo, anche perché il commercio e l'agricoltura, insieme all'artigianato non erano neanche all'altezza di placare il fabbisogno del paese. Ci fu un aumento dei prezzi e un addebitamento del paese, che portò anche più volte alla bancarotta. Oltre a questo il commercio era controllato dal monopolio regio: ogni singolo carico doveva essere portato al porto di Siviglia, per poi essere smistato. Le colonie non potevano infatti né commerciare fra di loro né con altri paesi se non indirettamente. Il contrabbando raggiungeva di conseguenza dimensioni gigantesche.

I problemi del governo: spazi e tempo

Caratteristica degli spostamenti non era soltanto la grande durata, ma anche la grande variabilità dei tempi di percorrenza. La circolazione degli uomini e delle notizie oltre a essere lenta e imprevedibile era molto costosa.

La pirateria mediterranea e la lotta contro i turchi

Lo scontro tra cristiani e musulmani nel Mediterraneo si riassumeva in quello tra Impero ottomano e Regno di Spagna. Ma c'era anche un conflitto più continuo e capillare, fondato su un'attività antica quanto la navigazione: la pirateria.

I più temuti pirati erano infatti i mussulmani, i pirati barbareschi, che con vere e proprie flotte passavano per il Mediterraneo fino ad arrivare all'Oceano Atlantico. La loro base era Algeri, città in grande sviluppo (grazie soprattutto ai beni portati dalle razzie), grande centro commerciale. Ma non solo i mussulmani avevano i propri pirati: c'era infatti una pirateria cristiana, che aveva come centri maggiori Livorno, l' "Algeri cristiana", e Malta e che depredava senza problemi le navi cristiane.

In più durante le guerre c'era il fenomeno della corsa, la pirateria "ufficializzata" dai paesi per indebolire gli avversari.

Le tensioni fra mussulmani e spagnoli però sfociò in guerra dopo che Selim II attaccò e conquistò l'isola di Cipro, appartenente ai veneziani. La Spagna cercò allora di creare un'alleanza ma solo con la mediazione di papa Pio V si creò questa Lega santa che comprendeva Spagna, Venezia e lo stato Pontificio. Fu creato un esercito che aveva come comandante il fratello di Filippo, Giovanni d'Austria.

Nella battaglia di Lepanto si sfidarono nel 1571 centinaia di navi e i turchi furono duramente sconfitti; ma la loro potenza fece sì che ricostruirono in fretta una flotta e decisero di trattare una pace con Venezia, che dovette rinunciare a Cipro. Ma dopo Lepanto la loro presenza nel Mediterraneo risultò come offuscata. Per il mondo cristiano Lepanto segnò la fine di un incubo, perché mostrò che i turchi potevano essere duramente sconfitti in un grande scontro frontale.

La guerra contro i turchi riaccese lo spirito di crociata degli spagnoli che attaccarono con accuse e passarono poi ai fatti con i moriscos, gli arabi battezzati di Spagna. Ma la loro deportazione (finirono di esistere in Spagna nel 1609) portò ad un crollo dell'economia artigianale, che poggiava proprio su questi cittadini.

La guerra dei Paesi Bassi

Nel 1578 Filippo II riuscì ad impossessarsi dello stato portoghese in quanto zio di Sebastiano di Braganza, che morì in una battaglia suicida contro i mussulmani marocchini. Filippo, grazie all'appoggio di clero, nobiltà e commercianti portoghesi e la sua condizione di zio prese il trono (1580). Oltre a ciò firmò un armistizio con la Turchia per potersi dedicare alla zona dei Paesi Bassi, che dava problemi per la sua eterogeneità di economie, lingue e stati (erano 17 organizzati autonomamente ma con un organo in comune, gli Stati Generali).

I motivi di attrito tra la corona di Spagna e i sudditi dei Paesi Bassi erano numerosi. Si trattava di motivi fiscali: il popolo non accettava la pressione fiscale; motivi politici: i nobili non accettavano le ingerenze del re; motivi religiosi: essendo calvinisti vedevano gli spagnoli come popolo da combattere.

Filippo attuò una politica molto rigida: chiese al papa l'istituzione, poi ottenuta, di 14 nuovi episcopati di ordinazione regia; con essi avrebbe preso il controllo politico del paese, mettendo alcuni suoi uomini come vescovi. Ma la rigidità con cui si comportò fece sfociare sempre più rivolte che finirono con l'essere una vera e propria guerra. Si creò uno spirito nazionale, e il popolo spinto da ideali calvinisti distrusse abbazie e uccise preti e suore. Filippo rispose mandando il suo generale più forte, il duca d'Alba, a reprimere i rivoltosi e riportare il potere spagnolo sui territori dei paesi bassi, eliminando gli eretici e ricostituendo le tasse e la struttura fiscale. Ma i nobili cominciarono ad appoggiare il popolo e anche i nobili cristiani si rivoltarono al re, sotto la guida di Guglielmo I di Nassau, principe di Orange, in Francia.

Nel 1572 le province del Nord si staccarono dal dominio spagnolo grazie all'aiuto dato loro dal territorio, coperto da acquitrini che creavano rifugi naturali. Le province del Sud restarono invece sotto la Spagna. Filippo cambiò comandanti ma la situazione non cambiò in meglio ma fece aumentare solo lo spargimento di sangue. Dopo che i soldati spagnoli saccheggiarono Anversa l'indignazione salì tanto che si creò l'Unione di Gand (1576), antispagnola. Soltanto l'abilità del governatore spagnolo Alessandro Farnese fermò questa rivolta e fece ritornare le province del sud sotto la Spagna. Ottenne questo grazie ad una politica duplice: da una parte fermò i paesi del Sud aggrappandosi al loro dovere di cristiani (c'erano discordie fra calvinisti e cristiani che non volevano lasciarsi a vicenda la possibilità di professare la propria religione), dall'altra cambiò modo di combattere, rendendolo più efficace. Si formarono due unioni dopo il 1579: l'Unione di Arras, cattolica, e l'Unione di Utrecht, protestante, chiamata anche Repubblica delle Sette Province Unite, che guidata dal figlio di Guglielmo, Maurizio d'Orange, combatté per un altro triennio (Guglielmo fu ucciso da un sicario spagnolo nel 1584).

Elisabetta d'Inghilterra

L'intersecarsi di contrasti religiosi e lotte politiche nella rivolta dei Paesi Bassi emerse anche in Inghilterra.

La morte di Edoardo VI riaprì la lotta per la successione. Salì al trono Maria Tudor, detta Maria la Cattolica, figlia di Enrico VIII e Caterina d'Aragona. L'imperatore Carlo V vide la possibilità di far entrare l'Inghilterra nel sistema imperiale ispano-asburgico e organizzò il matrimonio tra il proprio figlio Filippo e la nuova regina, celebrato nel 1554. Il re di Francia Enrico II non stette a guardare e fece sposare suo figlio Francesco II con Maria Stuart, principessa ereditaria di Scozia. Maria la Cattolica si dedicò alla ricostruzione del cristianesimo con tribunali e roghi in Inghilterra.

Fu proibito il Book of Common Prayer, il libro di preghiera ufficiale, di ispirazione protestante.

La breve durata del suo regno le impedì di procedere nella sua opera, considerata negativa (venne chiamata Maria la Sanguinaria).

Le succedette Elisabetta, figlia di Enrico VIII e Anna Bolena. I suoi genitori erano stati scomunicati e quindi si attendeva dai preti cattolici una mossa di Filippo II che però non intervenne per toglierla dal trono; infatti la probabile regina sarebbe diventata Maria Stuart, che avrebbe unito Scozia e Inghilterra, mettendo in condizione Francesco II di governare Francia e Inghilterra. Per evitare ciò chiese addirittura la mano di Elisabetta che però la rifiutò, come rifiutò quella di molti altri nobili. Molto scaltra e intelligente, sotto il mezzo secolo del suo regno l'Inghilterra conobbe una grande fioritura che diede i presupposti per creare la grande potenza che sarebbe poi diventato questo paese. Elisabetta detestava i fanatismi religiosi e per sicurezza del suo trono (le pressioni del trono cattolico scozzese, di Spagna e papato) decise di dichiarare religione ufficiale il protestantesimo. Cercò di farlo senza eccessive scosse né rigurgiti di violenza. Con la Legge di Supremazia impose il suo potere sul clero, con la Legge di Uniformità rese di nuovo legale il Book of Common Prayer di Edoardo VI. Nel 1571 alcuni articoli dichiararono l'impronta calvinista della Chiesa anglicana, che aveva però caratteri episcopali. Annientò i puritani che chiedevano di seguire alla lettera le leggi date da Calvino e si occupò dei rapporti con la Scozia.

Maria Stuart, che salì al trono di Scozia nel 1561, ebbe una vita sfortunata: Francesco II morì prematuramente e lasciò la moglie in una situazione difficile: nel suo paese infatti i calvinisti avevano la maggior parte del territorio sotto il loro potere; Maria cercò di riportare il cattolicesimo in questi luoghi, riuscendoci con l'aiuto della Spagna, ma le accuse di omicidio del secondo marito, Lord Darnley, ricaddero su di lei (sposò infatti l'assassino, il conte di Bothwell), i Lord protestanti, intransigenti, la fecero abdicare nel 1567 e Giacomo, suo figlio, prese il suo posto. La regina fu infine rinchiusa in una cella dorata da Elisabetta.

L'Inghilterra elisabettiana

Elisabetta attuò nel suo paese una politica di modernizzazione, guidata dal suo consigliere Thomas Gresham. Sul piano politico minacciò la nascita di una monarchia attirando a corte la nobiltà e strappandola dalle proprie terre. Dal punto di vista economico, da paese di second'ordine, produttore di solo materie prime, passò ad essere un produttore di manufatti, soprattutto riguardanti lana e poi ferro; in più gli immigrati calvinisti dalla Francia e dai Paesi Bassi crearono produzione artigianale (vetro, orologi, seta).

Sotto Elisabetta le risorse dell'Inghilterra furono alimentate anche in modo spregiudicato: navi corsare inglesi guidate da celebri avventurieri come Francis Drake e John Hawkins battevano l'oceano assalendo i convogli spagnoli carichi di merci e di metalli preziosi e ritornavano in patria colmi di bottino, oppure trasportavano nelle Antille schiavi negri catturati in Guinea. Ufficialmente questi corsari agivano per proprio conto.

Questi avventurieri e corsari erano anche grandi esploratori. Nel 1553 la Compagnia inglese dei Merchants adventures riuscì a penetrare nel Mare di Barents e nel Mar Bianco, approdando nel poro russo di Arcangelo.

Nel 1583 Humphrey Gilbert, tentò di insediare una colonia inglese in Nordamerica, sull'isola di Terra Nuova. Un tentativo analogo fu compiuto due anni dopo da Walter Raleigh, che sbarcò con i suoi coloni in una terra che chiamò Virginia in onore di Elisabetta, la regina vergine.

Il tentativo non riuscì ma la flotta inglese ebbe sempre più spazio nelle rotte prima dominate da Spagna, Italia e Turchia. Si creò nel 1555 la Compagnia della Moscovia per il commercio con i territori russi, nel 1584 la Compagnia del Levante per cercare di distruggere il predominio Spagnolo e Turco nei commerci in oriente, nel 1600 la Compagnia delle Indie orientali che crearono nuove colonie.

La guerra tra Spagna e Inghilterra

Mentre l'economia inglese aumentava la Spagna e il papato cominciarono ad ordire sempre più piani contro Elisabetta, a favore di Maria Stuart, che non aveva rinunciato ancora al trono inglese.

I missionari e gli agenti del papa e del re di Spagna erano attivi anche in Irlanda. L'odio per Roma e per la Spagna aumentarono sempre di più fino a quando si attuarono repressioni verso i gesuiti e i cattolici. Nel 1579-81 una rivolta esplosa in Irlanda fu stroncata dagli inglesi con una durezza impressionante: per stanare i ribelli, protetti dall'ambiente naturale e dalla popolazione, si attuò lo sterminio di massa mediante la tattica della terra bruciata.

Su Maria Stuart caddero sempre più colpe di combutte e congiure. Spinta dal volere di molti alla fine Elisabetta la condannò a morte e nel 1587 fu eseguita la sentenza del taglio della testa.

A questo punto la guerra fu inevitabile. Filippo II era guidato dalla Controriforma che vedeva come primo nemico proprio l'impero inglese. Fu allestita la così detta Invincibile Armata e dopo molti ritardi dovuti alle incursioni dei corsari inglesi come Francis Drake, nel luglio del 1588  avvenne la più maestosa guerra navale. Vinse l'Inghilterra per le sue navi più veloci e dai cannoni di gittata più lunga e per colpa anche del tempo la flotta spagnola si dovette ritirare.

Le guerre di religione in Francia

In Francia invece le divisioni religiose e il malessere sociale ed economico sfociarono in una guerra civile. Nel 1559 Enrico II, durante i festeggiamenti per la pace di Cateau-Cambresis morì tragicamente e anche il suo figlio quindicenne Francesco II morì dopo un anno. Gli succedette Carlo IX, che aveva dieci anni. Assunse quindi il potere Caterina dei Medici, che fu però insicura nel fermare gli ugonotti, che finirono con l'essere rappresentati a livello nazionale dai nobili di Coligny.Si crearono due fazioni, una ugonotta e l'altra cristiana guidata dai Guisa. Caterina cercò di attuare una rappacificazione ma temendo sia i Guisa (filo spagnoli) che i Coligny (che si appoggiavano a Inghilterra e Paesi Bassi) non mantenne il controllo della situazione. Nel 1562 i Guisa, sventarono un colpo di stato organizzato dagli ugonotti e li massacrarono a Vassy (massacro di Vassy). Il 24 agosto del 1572, la notte di San Bartolomeo, i parigini, antiprotestanti, guidati dal duca d'Angiò (il futuro Enrico III), massacrarono nobili e tutti coloro che si erano riuniti per una cerimonia. Morì anche il capo degli ugonotti, l'ammiraglio di Coligny (ucciso a tradimento).

La morte di Carlo IX e l'ascesa di Enrico III non cambiarono la situazione. Prese il comando degli ugonotti Enrico di Borbone, mentre Enrico di Guisa costituì una Lega Santa. Essa si legò alla Spagna e dopo la distruzione della Invincibile Armata si trovò in difficoltà tanto che Enrico III fece assassinare Enrico il Guisa e si alleò con gli ugonotti. L'affronto non restò impunito ed Enrico III fu colpito a morte da un frate domenicano. Lasciò il trono a Enrico il Barone, con il presupposto che lui diventasse cristiano.

Il Borbone salì al trono col nome di Enrico IV. A questo punto Filippo II, allarmato per il fatto che la corona di Francia sembrava caduta nelle mani dei protestanti, decise l'intervento militare, mentre il pontefice Sisto V dichiarò nulla la successione al trono francese. Un esercito spagnolo comandato da Alessandro Farnese mosse dai Paesi Bassi unendosi alle forze cattoliche della Lega santa.

Enrico nel 1593 si convertì al cattolicesimo e alla fine, dopo il riconoscimento del suo trono da parte del papa Clemente VIII, nel 1598 Francia e Spagna firmarono la pace di Vervins. In più la pacificazione interna avvenne con l'editto di Nantes, mediazione fra calvinisti e cristiani.

L'Europa orientale

Per quanto riguarda l'Europa orientale, questi territori erano dominati dalla potenza polacca. Il Regno di Polonia era costituito dalla Polonia e dal Granducato di Lituania, che avevano in comune un re e una Dieta di nobili, anche se mantenevano una propria autonomia. Era un paese composito, dove si trovavano diverse razze e religioni, ma il cattolicesimo dominava: questo paese era infatti chiamato baluardo del cristianesimo perché doveva fronteggiare il luteranesimo svedese, l'ortodossia russa, i mussulmani. Il cristianesimo quindi legava la maggior parte della popolazione.

In Polonia, la nobiltà aveva una posizione di straordinario privilegio, che culminò nel 1573, con la morte dell'ultimo sovrano Jagellone, Sigismondo Augusto (1548-72): con l'estinzione della dinastia degli Jagelloni, che aveva governato il paese dal 1386, s'impose infatti il principio che il monarca dovesse essere eletto da tutta la nobiltà (repubblica nobiliare).

La debolezza del potere regio in questo periodo dipendeva anche dal fatto che tutti e quattro (Enrico di Valois, Stefano Bathory, Sigismondo II Vasa, Ladislao IV Vasa) i sovrano che regnarono dal 1573 al 1648 si mostrarono più interessati ai paesi di origine delle loro dinastie che a radicarsi in Polonia.

La nobiltà manteneva grande autonomia perché unita, compatta, con lo stesso credo, il sarmatismo: essi credevano di discendere dai sarmati, quelli che avevano assoggettato le popolazioni antecedenti e si erano instaurati in questi luoghi. Solo la nobiltà si sentiva quindi polacca e negava ciò al resto della popolazione.

L'economia di questo paese portava alla sua disorganizzazione: i nobili usavano ancora le corvees, e favorirono i commerci dall'estero, sfavorendo artigianato e agricoltura interna.

A oriente del Regno di Polonia si ha il Regno di Russia, anch'esso prettamente nobiliare, ancora guidato dai boiari, discendenti dei comites del principe di Kiev. Il fondatore della potenza russa fu Ivan IV il Terribile che aumentò il potere centrale diminuendo quello dei nobili. Prese il nome di zar, che diventerà abituale d'ora in poi, per indicare la continuazione dell'impero bizantino grazie al loro regno. Lo zar divise il regno in opričnina, posta alle dirette dipendenze del sovrano; i territori rimanenti, che costituivano la zemsčina, rimasero invece sotto l'amministrazione della Duma, il Consiglio dei boiari. I territori dei nobili nei pressi di Mosca furono cambiati con quelli esterni. In più la posizione dei boiari fu diminuita per l'aggiunta di nuovi nobili che erano fedeli allo zar. I nobili furono anche giustiziati e vissero nel terrore. Ma dopo il suo regno, che portò un grande ampliamento dei confini, ci fu un periodo torbido che fu terminato solo nel 1613 (Ivan era morto nel 1584) con Michele Romanov, fondatore di una grande dinastia. La situazione all'est comunque continuerà a vedere il servilismo degli agricoltori, sfruttati e mal pagati dai nobili sia boiari che della nuova schiera.