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DUPLICAZIONE DEL GENOMA - REPLICAZIONE del DNA

matematica



DUPLICAZIONE DEL GENOMA


Il genoma è costituito da una molecola di DNA circolare.

Il processo di duplicazione comincia nel punto ORICI,e procede in due direzioni.

Questo processo avviene in modo semiconservativo (le due doppie eliche consistono in un filamento progenie e uno parentale.

REPLICAZIONE del DNA


L a sintesi inizia nell'ORICI (= 4 sequenze oguna di 9 basi ricche di A).Queste sequenze sono riconosciute dal DNA-A.

Più molecole di DNA-A formano un gruppo di elementi attorno al quale si avvolge l'elica di DNA nel punto ORICI.


Il DNA-A rompe la doppia elica localmente con consumo di ATP per rompere i legami H.In questo punto entra la DNA-B che inizia lo svolgimento della doppia elica.E' il DNA-C che vincola il DNA-B a inserirsi nel punto giusto.

Le proteine SSB legano un singolo filamento di DNA,ha lo scopo di mantenerli separati.

Per iniziare la sintesi interviene la PRIMASI che sintetizza dei PRIMER ( = 10-20 nucleotidi complementari al DNA) che ha un OH in 3'libero,che può essere esterificato dalla DNA- polimerasi che inserisce il deossiribonucleotide 3 fosfato.



La  DNA-polimerasi sintetizza rna in direzione 5'-3',per farlo in direzione 3'-5' avviene il seguente processo:

Man mano che la ELICASI (DNA-B) apre la doppia elica la primasi sintetizza tanti primer che possono essere estesi dalla DNA-polimerasi.Questi filamenti neosintetizzati di DNA,intervallati da queste sequenze primer,sono detti FRAMMENTI DI OKAZAKI.

Interviene poi la DNA-polimerasi I che elimina i tratti di primer e li sostituisce con tratti di DNA.

Il DNA-LIGASI esterifica i gruppi fosfato unendo i frammenti.

La DNA-polimerasi III sintetizza DNA a partire da un primer,inserisce 1000 nucleotidi per minuto,ha un attività POLIMERASICA e una ESONUCLEASICA in entrambe le direzioni( = capace di rimuovere i nucleotidi).

La DNA-plimerasi I sintetizza 600 nucleotidi per minuto,ha un attività POLIMERASICA e una ESONUCLEASICA in entrambe le direzioni. L'esonucleasi impedisce la formazione di sbagli.


La DNA-polimerasi III è una proteina costituita da tre  subunità a b b s Le prime 3 costituiscono il CORE della polimerasi,hanno attività enzimatica.

Il processo si completa quando i 2 punti di biforcazione si incontrano nel punto TER( = terminazione).

Qui interviene la proteina TUS che blocca l'azione dell'ELICASI.

I 2 anelli così sintetizzati sono separati dal DNA-GIRASI o TOPOISOMERASI II (questo enzima richiede ATP).

Rompe la doppia elica e fa passare l'altra attraverso la rottura.


OPERONE:esistono geni STRUTTURALI e geni REGOLATORI (regolano l'espressione dei geni strutturali),l'nsieme dei geni strutturali e regolatori costituiscono l'operone.


TRASCRIZIONE DELL'RNA


Nei procarioti esiste un solo tipo di RNA-polimerasi che sintetizza il filamento di RNA da quello di DNA ,man mano che esso è prodotto su di esso si legano i ribosomi grazie al FATTORE D'INIZIO IF3 e inizia la sintesi di proteine.

Il DNA nei procarioti è un unico filamento che contiene i geni per tutti i tipi di RNA ed è MONOCISTRONICO( = un gene codifica per + proteine).

L'RNA-polimerasi è costituita da 3 subunità: a b b s.La s riconosce il DNA e il FATTORE TRASCRIZIONALE e si lega ad esso grazie alla presenza di PROMOTORI( = zone del DNA in cui sono presenti SEQUENZE CONSENSO),essi sono sempre a monte del sito in cui inizia la trascrizione.In Coli ci sono Sequenze consenso nel tratto -10 e -35 basi dal sito d'inizio.

Un RNA-polimerasi quando si lega a ste sequenze lo fa in modo + forte e poi inizia il processo di trascrizione  staccando la subunità s ,e viene continuata dal CORE.



In E.Coli ci sono diversi fattori s : il s :riconosce i promotori a -10 e -35

s :riconosce i promotori e i fattori di trascrizione SPECIFICI(che si legano a promotori di geni sensibili agli aumenti di temperatura.(controllano i danni causati da sbalzi termici).

s :riconosce promotori di geni che regolano la chemiotassi.

s :riconosce promotori di geni che rtegolano i composti azotati

FATTORI DI TRASCRIZIONE:Hanno motivi strutturali capaci di leggere il DNA.La RNA-POLIMERASI non è capace di legare il DNA nudo,è necessaria la presenza di 1 o + fattori trascrizionali.

Ci sono FATTORI TRASCRIZIONALI UBIQUITARI:si legano a promotori.La RNA-polimerasi riconosce sti promotori a struttura differente e pertanto legati da fattori trascrizionali diversi.

FATTORI TRASCRIZIONALI SPECIFICI che si legano a ELEMENTI DI RISPOSTA( = promotori di geni che si attivano in seguito a uno stimolo preciso).

Il fattore trascrizionale NTRC si legana a sequenze di basi -140 -108 solo quando esso è fosforilato.

Per es.Ho il segnale di bassa [] di glutammina , la prteina NTRB fosforila NTRC che cosi si lega al DNA al livello di un determinato gene,e fa ripiegare il fiamento promotore formando un loop.Poi l'RNA-polimerasi riconosce il promotore con il fattore trascrizionale e si lega al filamento sulle sequenze consenso,successivamente inizia la trascrizione.

NTRC influenza la frequenza con cui parte la trascrizione.


TERMINAZIONE DEL PROCESSO TRASCRIZIONALE


Ci sono 2 tipi di processi: - rho dipendenti

rho indipendenti


Il rho indipendente: il segnale è sito nella sequenza stessa.Sul filamento è presente una sequenza PALINDROMICA ( = complementare a se stessa) e forma una struttura a specie di uncino,subito dopo è presente una sequanza di poli A.

L'uncino provoca il distacco del'RNA-polimerasi dal filamento


Il rho dipendente: è un meccanismo che richiede l'intervento delle proteine rho e di ATP.questa proteine forma gruppi di 6 molecole che si avvolgono attorno al DNA .rho si lega al sito dell'mRNA detto rut e allontana il filamento dall'RNA-polimerasi.


Nei batteri la sequenza d'inizio AUG corrisponde all' AA N-Formil Metionina anziché alla Metionina come negli eucarioti.

Nell' RNA sintetizzato ci sono sequenze dette SITO DI RICONOSCIMENTO RSB alle quali si legano fortemente i ribosomi.

Nei procarioti gli mRNA hanno vita breve perché vengono subito tradotti quando vengono trascritti (10-20 minuti).









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